Le climat est de type tropical; tempéré à l'intérieur des terres, à cause des altitudes plus élevées ; tropical sec au sud de Tegucigalpa tropical humide au nord (pluies constantes ou irrégulières, pluies torrentielles de septembre à novembre en général, et persistantes de décembre à février à cause d'un vent du nord).
La moyenne des températures s'échelonne de 15° à 27 ° C dans les régions centrales (le thermomètre peut descendre beaucoup plus bas en altitude), et de 20° à 40° C sur les littoraux. Il peut faire extrêmement chaud sur la côte pacifique ou vers San Pedro Sula de février à avril. Les précipitations varient en fonction des régions, de 1 000 mm à 2 540 mm en moyenne (jusqu'à 4 000 mm sur la côte caraïbe).
